嘉兴市农业科学研究院成立于1956年，原为浙江省农科院嘉兴农业试验站；1958年更名为嘉兴地区农业科学研究所；1984年撤地建市，改称嘉兴市农业科学研究所；1997年建立浙江省嘉兴市农业科学研究院（所），2019年改名为嘉兴市农业科学研究院。现下设办公室、乡村振兴研究所、水稻育种研究所、生态环境研究所、经济作物研究所、生物技术研究所。

嘉兴市农科院是一所以应用研究为主的市直属纯公益型农业科研单位，着重解决当前当地农业生产中的关键性和共性技术问题。成立64年来，已获各级科技成果奖179项，其中国家级4项，省部级93项。2015年实现了国家科技进步奖的重大突破，以第一完成人完成的科技成果“晚粳稻核心种质测21的创制与新品种定向培育应用”，荣获2015年度国家科技进步奖二等奖。这是改革开放以来，嘉兴市在农业与生物技术领域所获得的科技进步最高奖。以第一单位，育成稻、麦、蔬菜等新品种共190个，其中国家审定 23个，浙江省审定150个，外省（市）审定36个；获授权国家发明专利10多项。育成的水稻品种在长江中下游地区稻区已累计推广7亿多亩。以第一作者在省级以上国内外学术刊物上发表论文550余篇，其中SCI论文25篇。

“七五”、“八五”期间连续二次被农业部评为“全国农业科研开发综合实力百强研究所”，“九五”获“全国标兵研究所”。 “十一五”全国农业科研机构科研综合能力评估，在全国1058个农业科研机构中，排名全国第75名。