安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等现代化综合性教学医院，安徽省首家获得JCI认证、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审的大型公立医院。在2021年度全国三级公立医院绩效考核监测排名中获A+等次、居全国第87名，位列全国百强。在2019年中国医院科技量值与中国医学院校科技值排名中，6个学科进入全国前100位，总体科技百强学科数量位居全省前三。2020年获批国家高级卒中中心、胸痛中心，2021年获批肝肾移植执业资质。

医院目前开放床位2600余张，职工3000余人，其中高级职称428人、博士247人、博导55人、硕导226人,入选国家百千万人才工程人选1人，享受国务院特殊津贴4人，省政府特殊津贴4人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家卫生计生突贡中青年专家1人，省学术技术带头人及后备人选20人，江淮名医13人，皖江学者特聘教授1人，青年皖江学者2人，省卫生系统青年领军人才9人，省“特支计划”人才1人。国家级学术团体副主委19人次，常委80人次，省级学术团体主任委员35人次、副主任委员188人次。2021年门急诊量210万人次，出院人次9.86万，出院患者平均住院日8.32天，病床使用率95%以上，手术台次5.7万，三四类手术占比71.18%。

医院开设40余个临床医技科室，拥有肿瘤科、麻醉与围术期医学科、呼吸与危重症医学科、骨科、泌尿外科、肾脏内科、血液内科、儿科、检验科、耳鼻喉头颈外科、眼科11个省级临床重点专科。医院为挖掘内在潜力，重点培育发展，着力实施“建名科、树名医”战略，加大对学科建设的投入和扶持力度，确定康复运动医学科、泌尿外科、眼科和放射科等8个院级重点发展专科。医院以重点学科为依托，整合资源，协调发展，形成具有我院特色的学科建设方向。入选安徽省第十三批“115”产业创新团队，获批安徽省危重症呼吸疾病临床医学研究中心和安徽省重点实验室（麻醉）。

作为安徽医科大学直属附属教学医院，现有博士点15个、硕士点24个，医院教学师资充足，设施齐全，建有占地约1000平方米的临床教学技能培训中心和教研室用房，是美国心脏协会（AHA）心血管急救培训中心、国家住院医师规范化培训基地。医院现有规范化的中心实验室和标本库，拥有1个国家临床药物试验机构、1个省教育厅重点实验室、1个院士工作站、6个校级临床研究中心、1个科研实验中心、1个生物标本库，另有一支专职科研人才队伍，可以为临床科研提供坚实的平台支撑和人才保障。医院重视国际学术交流与合作，与美国、德国、澳大利亚等国家的知名院校和医疗机构在科研创新、人才培养、学科建设和科室管理等多方面开展交流与合作。