医院系厦门市委市政府补儿科短板的重大民生工程，按照与复旦大学市校战略合作协议，成建制委托复旦大学附属儿科医院管理，于2014年6月1日开业。定位：立足闽西南，辐射海峡西岸及东南亚地区，成为具有示范意义的国家儿童区域医疗中心。

历经十年发展，医院已经成为区域性儿科疑难疾病诊治中心，达到三级甲等儿童医院的规模和学科水平。2021年获批国家儿童区域医疗中心建设单位，2022年获批复旦大学附属医院（筹）、福建省新生儿疾病重点实验室、省级博士后创新实践基地、国家级博士后工作站。获省市科技进步奖，国家科技部2030-“脑科学与类脑研究”重大项目子课题。

医院拥有心血管、新生儿、小儿外科、神经内科、内分泌及遗传代谢科、儿童重症医学科6个厦门市名医工作室及3位厦门市特聘主任，35位复旦儿科相关专业学科带头人担任各科室学术主任。共享复旦儿科优质资源，利用远程医学平台开设疑难病、罕见病远程门诊，建立以病房为单位的“上海-厦门”信息互联互通机制。新生儿医学中心、儿童重症医学中心开通24小时院前公益急救转运。牵头成立38家单位组成的闽西南儿科医联体及51家单位组成的国家儿童区域医疗中心儿科联盟，形成区域性儿科诊疗协作网络。

医院拥有5个省级临床重点专科（新生儿、儿童重症、小儿外科、儿童保健、小儿神经外科）、厦门市重点专科（新生儿危重症救治）、厦门市新生儿质量控制中心、厦门市新生儿疾病重点实验室、全国儿童恶性肿瘤（实体肿瘤）诊疗协作组牵头单位、国家罕见病诊疗协作网成员单位，厦门市先心病筛查管理单位，已建成先心病筛查、诊断、治疗及随访一体化体系。平移复旦儿科近百项技术，其中早产儿救治、先天性结构畸形微创手术等技术达到国内先进水平。成功救治350g全国最低出生体重超早产儿，开展ECMO联合CRRT救治34周、体重2.3千克早产儿，多项技术填补省内空白。已发展成为区域儿童疑难危重症诊治中心。